Bunun üzerine Risale-i Nur Külliyatı ve bütün mektublar Ankara’da profesörler ve yüksek âlimlerden mürekkeb bir ehl-i vukufa satır satır tetkik ettirilir. Ehl-i vukuf tarafından “Bedîüzzaman’ın siyasî bir faaliyeti yoktur. Onun mesleğinde cemiyetçilik ve tarîkatçılık mevcud değildir. Eserleri ilmî ve imanîdir, Kur’an’ın bir tefsiridir.” diye rapor veriliyor. Mahkemeye verilişindeki ittihamlar, delilsiz ve ispatsız olduğu için birtakım uydurma bahane ve tertiplerden ibaret olduğu anlaşılıyor.

Bilhassa, “Bedîüzzaman, Mehdi olduğunu dava ediyor.” ittihamı, kat’iyen ispat edilemiyor. Bilakis; Bedîüzzaman’ın hiçbir manevî makam dava etmediği, kendisinin bir hiç olduğunu iddia ettiği, başkaları tarafından verilen manevî rütbe ve makamları da kabul etmediği ve ehl-i ilim olan zatların, onun Mehdi olduğuna dair yazdıkları ilmî mektubları aldığı vakit şiddetle hiddet ederek, onları reddedip hatırlarını kırdığı tahakkuk ediyor. Aramalarda ele geçirilen mektublarda bu vaziyet meydana çıkıyor.

Neticede, Bedîüzzaman büyük bir müdafaa yapıyor. Nihayet, mahkeme ittifakla 16/6/1944 tarih ve 199/136 sayılı beraet kararını veriyor. Yüz otuz parça Risale-i Nur Külliyatı’nın hepsine serbestiyet verip sahiplerine tamamen iade ediyor. Beraet kararını, Temyiz Birinci Ceza Dairesi 30/12/1944 tarihli i’lamla ittifakla tasdik edip Risale-i Nur davasının hakkaniyeti, kaziye-i muhkeme halini alıyor.

Bedîüzzaman Said Nursî ve talebelerinden bir kısmı hapiste dokuz ay kaldıktan sonra beraet kararı üzerine tahliye ediliyor. Fakat Said Nursî Hazretlerini hapishanede zehirliyorlar, ölüm tehlikesi geçiriyor. Cenab-ı Hakk’ın inayetiyle kurtuluyorsa da tarihte hiçbir kimseye yapılmayan zulüm, işkence ve ihanetlere maruz bırakılıyor. Bedîüzzaman, gizli dinsiz münafıkların tahrikatıyla girdiği bütün mahkemelerde olduğu gibi bu idam planıyla verildiği mahkemede de hak ve hakikati, pervasızca ve ölümü hiçe sayarak haykırıyor.

Üstad Bedîüzzaman, Denizli hapsinde “Meyve Risalesi”ni telif etmiştir. Bu risale, bilâhare Asâ-yı Musa mecmuasının başında neşredilmiştir. Meyve Risalesi’ni, iki cuma gününde telif etmiştir. Hapishanede bulunan bütün Nur talebeleri ve diğer mahpuslar, Meyve Risalesi’ni yazmışlar, o risalenin hakikatleriyle iştigal etmişlerdir.